保存种子的种质基因库又叫种子库，其保存条件涉及种子生理代谢的各种条件，可保存的时间长短依种类不同而异，一般保存在5℃
或更低温度条件下，或保存含水量为5%～7%的种子于密闭容器中，或保存种子于相对湿度低于20%的条件下，亦可将种子保存在液态氮中(-196℃)。有生命活力的种子都要进行生理代谢，所以种子的保存时间还是有限的，需要定期进行检测，当种子的发芽率低于20%时，就需要更新种子。
那些难以得到种子或种子不易保存的种类，一般以培养组织在低温(-2℃)的条件下进行长期保存。但长期继代培养的组织会产生染色体裂变而导致遗传基因的不稳定性，若将培养组织保存在液态氮(-196℃)中，则能保持其遗传稳定性。
现代还可以从植物体中分离出DNA或DNA片断进行DNA的长期保存。此外，还可以在一定条件下保存花粉和一些营养器官。
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